说是公司制度，合法吗？

不合法。公司无故克扣工资违反法律规定，依据《劳动法》，员工工资应按月以货币形式支付，不得克扣。若公司制度导致你工资被扣，可向劳动监察部门举报或申请劳动仲裁，维护自身权益。不及时处理，可能面临工资持续被克扣，权益受损加重。
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常见处理方式为举报或劳动仲裁。根据《劳动法》，若公司制度违反法律规定，扣你工资，你可选择向劳动监察部门举报投诉，或向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，两种都是维护你合法权益的有效途径。具体选择哪种方式，可依据个人情况和偏好决定，若希望快速解决，可选择举报；若希望更正式地解决，可选择劳动仲裁。
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可举报或劳动仲裁。具体操作：1.举报：收集公司扣工资的证据，向当地劳动监察部门提交举报，等待调查处理。2.劳动仲裁：准备劳动合同、工资条等证据，向劳动仲裁委员会提起仲裁，通过法律途径维权。根据不同情况，选择合适方式维护自身权益。